Holzpellets können in einem Lagerraum oder in Tanks außerhalb des Hauses gelagert werden. Sie werden in der Regel mit einem Silo-LKW transportiert und über einen Schlauch in das Pelletlager eingeblasen. Die Lieferung und Lagerung ist also vergleichbar mit der von Heizöl.
Holzpellets sind im Vergleich zu Scheitholz sehr gut zu lagern, da sie vergleichsweise wenig Raum benötigen. Allerdings sollten bei der Lagerung verschiedene Aspekte berücksichtigt werden. Da Pellets brennbar sind, muss der Lagerplatz in jedem Fall vor Brand oder Explosionen geschützt sein. Außerdem sollten nach Möglichkeiten keine Wasserleitungen in unmittelbarer Nähe vorhanden sein.
Bei einem Rohrbruch würden die Pellets sonst beschädigt und unter Umständen unbrauchbar werden. Daher ist ein großer, trockener Raum ideal zum Lagern von Pellets. Es sollte darüber hinaus darauf geachtet werden, dass Pellets vor zu großen Mengen Staub geschützt werden. Ansonsten könnte die Leistung des Brennstoffes beeinträchtigt werden.
Der jährliche Bedarf an Holzpellets ist abhängig von der Verbrauchszahl, dem Verbraucherverhalten und von der Isolierung des Hauses. Man rechnet pro 1 kW Heizleistung in etwa mit einem Brennstoffbedarf von 0,65 m³, das entspricht ca. 420 kg Brennstoff. Bei einem Einfamilienhaus ist jährlich mit einem Bedarf von etwa 3-6 Tonnen zu rechnen.